FC Bayern München wurde von den Mitgliedern eines München Turnverein (MTV 1879). Wenn eine Gemeinde von Mitgliedern des MTV 1879 beschloss am 27. Februar 1900, dass die Fußballer des Clubs nicht erlaubt, sich dem Deutschen Fußball-Bundes (DFB), elf Mitglieder der Fußball-Abteilung aus der Gemeinde und am selben Abend gegründet FC Bayern München. Innerhalb von ein paar Monaten FC Bayern München erreicht High-Scoring-Siege gegen alle Konkurrenten und erreichte das Halbfinale der deutschen Meisterschaft 1900/01 Süd.  In den folgenden Jahren wurde der Club gewann einige lokale Trophäen und 1910/11 FC Bayern München Mitglied der neu gegründeten "Kreisliga", das erste regionale bayerische Liga. Sie gewannen diese Liga in seinem ersten Jahr, aber nicht gewinnen, es noch einmal bis zum Beginn des Ersten Weltkrieges im Jahre 1914, die gestoppt werden alle Fußball-Aktivitäten in Deutschland. 

In den Jahren nach dem Krieg, der FC Bayern München gewann mehrere regionale Wettbewerbe, vor dem Gewinn ihrer ersten deutschen Meisterschaft Süd im Jahr 1926, ein Erfolg zwei Jahre später wiederholt.  ihren ersten nationalen Titel gewonnen wurde im Jahr 1932, als Trainer Richard "Little Dombi" Kohn führte das Team um die deutsche Meisterschaft mit Eintracht Frankfurt 2-0 Sieg im Finale.

Nach dem Krieg wurde Bayern ein Mitglied der Oberliga Süd, dem südlichen Konferenz der deutschen ersten Liga, die gespalten war fünf Möglichkeiten zu diesem Zeitpunkt. Bayern kämpfte, Einstellung und Entlassung von 13 Bussen zwischen 1945 und 1963. Im Jahre 1955 wurden sie verbannt, aber zurück in die Oberliga in der folgenden Saison und gewann den German Cup zum ersten Mal zu schlagen Fortuna Düsseldorf in den letzten 1-0.  Der Verein finanziell zu kämpfen aber fast Konkurs Ende der 1950er Jahre. Hersteller Roland Endler, sofern die erforderlichen Mittel und wurde mit vier Jahren an der Spitze des Vereins. Im Jahr 1963 die Oberligas in Deutschland wurden in einer nationalen Liga, der Bundesliga. Fünf Teams aus der Oberliga Süd wurden. Bayern Dritter, in diesem Jahr die Southern Division, sondern eine andere Team München, 1860 München, die Meisterschaft gewonnen hatte. Wie der DFB nicht bevorzugt, zwei Teams aus einer Stadt, Bayern wurde nicht gewählt, für die Bundesliga. Sie gewann Förderung zwei Jahre später, Fielding ein Team mit jungen Talenten wie Franz Beckenbauer, Gerd Müller und Sepp Maier - die später werden kollektiv als die Achse.